장기보유특별공제 — 종부세 장기보유공제와 이름만 닮았습니다

이 글은 종부세·재산세·취득세 안내서에 속합니다. 처음이면 안내서의 읽는 순서를 먼저 보세요.

양도소득세 · 확인일 2026-09-01

장기보유특별공제의 상한은 하나가 아니라 둘입니다. 일반 자산은 15년을 채워도 30%에서 멈추고, 1세대 1주택만 보유 40% + 거주 40%를 둘 다 채웠을 때 80%까지 갑니다. 여기서 갈리는 건 보유기간이 아니라 거주기간입니다 — 보유기간 중 거주가 2년 미만이면 80% 테이블 자체가 닫히고 최대 30%로 내려앉습니다.

조문을 열기 전까지는 저도 「10년 보유하면 80%」로 알고 있었습니다. 소득세법 제95조 제2항 단서를 읽고서야 그 80%가 두 축의 합이라는 걸 알았습니다. 아래에서 표1·표2의 실제 숫자와, 거주 6개월 차이로 세액이 얼마나 벌어지는지 계산해 보겠습니다.

한눈에 보기

구분표1 (일반)표2 (1세대 1주택)
적용 대상보유 3년 이상 자산시행령 §159의4의 1세대 1주택
진입 요건보유 3년보유 3년 + 양도일 현재 1주택 + 거주 2년 이상
공제 축보유기간만보유기간 + 거주기간 (합산)
최저3년 6%보유 3년 12% / 거주 2년 8%
상한15년 이상 30%보유 40% + 거주 40% = 80%

「보유 3년」은 표1·표2 공통의 입장권일 뿐입니다. 표2의 진짜 문턱은 거주 2년입니다.

표2로 들어가는 관문 — 거주 2년

근거는 소득세법 시행령 제159조의4입니다.

“대통령령으로 정하는 1세대 1주택”이란 각각 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택(…1세대 1주택으로 보는 주택을 포함한다)을 보유하고 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것을 말한다.

— 소득세법 시행령 §159의4 (조문 최종개정 2025. 2. 28. / 시행령 전체는 대통령령 제36343호, 2026. 5. 22. 일부개정, 시행 2026. 7. 1.)

조문 옆에 붙은 「대통령령 제36343호」는 시행령 전체의 개정 표시입니다. §159의4 조문 자체의 최종 개정 표기는 2025년 2월 28일입니다. 두 날짜가 다른 걸 모르고 옮기면 「2026년에 요건이 바뀌었다」는 이야기가 만들어집니다.

조건이 두 개고, 둘 다 필요합니다.

□ 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는가

□ 보유기간 중 실제 거주한 기간이 2년 이상인가

여기서 자주 섞이는 게 있습니다. 1세대 1주택 비과세의 거주요건은 시행령 §154①이고 조정대상지역에서 취득한 경우에 붙습니다. 반면 장특공제 표2의 거주 2년은 §159의4이고 지역을 구분하지 않습니다. 조정대상지역이 아니어도 거주 2년을 못 채우면 표2는 닫힙니다.

기간을 세는 기준도 조문에 있습니다. 보유기간은 취득일부터 양도일까지(§95④), 거주기간은 주민등록표상 전입일부터 전출일까지(시행령 §154⑥)입니다.

공제율표 (소득세법 §95② 표1·표2)

표1 — 보유기간만 봅니다. 연 2%p씩 올라갑니다.

보유기간공제율보유기간공제율
3년 이상 4년 미만6%10년 이상 11년 미만20%
4년 이상 5년 미만8%11년 이상 12년 미만22%
5년 이상 6년 미만10%12년 이상 13년 미만24%
6년 이상 7년 미만12%13년 이상 14년 미만26%
7년 이상 8년 미만14%14년 이상 15년 미만28%
8년 이상 9년 미만16%15년 이상30%
9년 이상 10년 미만18%

표2 — 두 열을 각각 구해서 더합니다.

기간보유기간별 공제율거주기간별 공제율
2년 이상 3년 미만—8% (보유 3년 이상에 한정)
3년 이상 4년 미만12%12%
4년 이상 5년 미만16%16%
5년 이상 6년 미만20%20%
6년 이상 7년 미만24%24%
7년 이상 8년 미만28%28%
8년 이상 9년 미만32%32%
9년 이상 10년 미만36%36%
10년 이상40%40%

「보유기간만으로 24%부터 시작」처럼 읽히는 표가 돌아다닙니다. 국세청 양도소득금액 계산명세서 작성요령이 보유기간과 거주기간을 같다고 가정한 합산치로 표를 제시하기 때문입니다. 실제로는 보유 3년 + 거주 2년이면 20%(12+8), 보유 3년 + 거주 0년이면 6%(표1)입니다.

계산 구조

“`

양도차익 = 양도가액 − 취득가액 − 필요경비

장기보유특별공제액 = 양도차익 × 공제율

양도소득금액 = 양도차익 − 장기보유특별공제액

과세표준 = 양도소득금액 − 기본공제 250만원(§103)

산출세액 = 과세표준 × 기본세율(§104①1호, §55① 준용)

“`

1세대 1주택이 12억원을 넘겨 팔린 경우, 12억 초과분에만 과세됩니다. 장특공제액도 같은 비율로 안분합니다 — 전체 장특공제액 × (양도가액 − 12억) ÷ 양도가액(시행령 §160). 12억 비과세 자체는 별도 글에서 다룹니다.

소득세법 제95조 제2항 표1·표2. 현행법 기준이며 보유·거주기간을 세는 기준은 본문 표를 확인하십시오.
소득세법 제95조 제2항 표1·표2. 현행법 기준이며 보유·거주기간을 세는 기준은 본문 표를 확인하십시오.

사례 계산 — 거주 6개월이 8,204만원을 가릅니다

아래 금액은 전부 가상의 예시입니다. 특정 물건의 시세와 무관합니다. 지방소득세는 포함하지 않았습니다.

사례 B — 1세대 1주택 / 보유 13년 3개월 / 거주 8년 3개월

단계계산결과
취득 2013.6.20. 8억 → 양도 2026.9.20. 20억 / 필요경비 3,000만20억 − 8억 − 0.3억양도차익 11억 7,000만
12억 초과분 안분× (20억−12억)÷20억 = 40%4억 6,800만
보유 공제율표2 「10년 이상」40%
거주 공제율표2 「8년 이상 9년 미만」32%
장특공제액4억 6,800만 × 72%3억 3,696만
양도소득금액4억 6,800만 − 3억 3,696만1억 3,104만
과세표준− 기본공제 250만1억 2,854만
산출세액1,536만 + (1억 2,854만 − 8,800만) × 35%약 2,955만원

사례 B′ — 다 같고 거주만 1년 6개월

단계계산결과
거주 1년 6개월거주 2년 미만 → §159의4 불충족표2 봉쇄
적용 테이블표1 「13년 이상 14년 미만」26%
장특공제액4억 6,800만 × 26%1억 2,168만
양도소득금액4억 6,800만 − 1억 2,168만3억 4,632만
과세표준− 기본공제 250만3억 4,382만
산출세액9,406만 + (3억 4,382만 − 3억) × 40%약 1억 1,159만원

두 번 돌려보고 나서야 감이 잡혔습니다. 보유기간은 13년 3개월로 똑같은데, 거주 6개월이 모자라서 공제율이 72%에서 26%로 무너집니다. 산출세액 차이는 약 8,204만원입니다.

표1과 표2가 역전되는 구간

조건 (1주택)적용공제율
보유 15년 + 거주 0년표130%
보유 3년 + 거주 2년표220%
보유 5년 + 거주 2년표228%
보유 6년 + 거주 2년표232% ← 표1 최대치를 추월
보유 10년 + 거주 0년표120%
보유 10년 + 거주 2년표248%
보유 10년 + 거주 10년표280%

보유 6년에 거주 2년이면 32%입니다. 15년을 들고만 있었을 때의 30%보다 높습니다. 거주 2년이 보유 9년보다 세다는 뜻입니다.

공제가 아예 0이 되는 경우

공제율을 계산하기 전에 먼저 볼 항목입니다. 여기 걸리면 표1이든 표2든 의미가 없습니다.

사유근거결과
보유 3년 미만§95②공제 없음
미등기양도자산§95② 괄호 / §104③장특공제·기본공제 배제, 세율 70%
조정대상지역 다주택 중과 대상 주택§95② 괄호 / §104⑦장특공제 전액 배제
승계취득한 조합원입주권§95② 괄호공제 대상에서 제외

세 번째 줄이 2026년 하반기의 실질적인 변수입니다. 다주택자 양도세 중과 유예는 2026년 5월 9일자로 끝났습니다. 2026년 5월 10일 이후 양도분부터 조정대상지역 2주택은 기본세율 +20%p, 3주택 이상은 +30%p가 붙고, 그 주택은 장기보유특별공제가 다시 0이 됩니다. 유예 기간(2022. 5. 10.~2026. 5. 9.) 중에 쓰인 글이 아직 상위에 남아 있으니 작성 시점을 먼저 보시는 편이 안전합니다.

2026년 9월 1일 기준 조정대상지역은 서울 전역과 경기 12곳, 그리고 2026년 7월 1일 추가된 화성 동탄구·용인 기흥구·구리시입니다.

한 가지 더. 「최종 1주택 보유기간 재기산」은 2022년 5월 10일자로 폐지됐습니다. 재기산을 전제로 계산한 글이 남아 있는데, 지금은 그 규정이 없습니다.

국세청 「장기보유특별공제율」 안내 — 표1·표2 · 2026년 9월 4일 확인
국세청 「장기보유특별공제율」 안내 — 표1·표2 · 2026년 9월 4일 확인

이름만 닮은 제도 — 종부세 장기보유 세액공제

비교축양도세 장기보유특별공제종부세 1세대 1주택자 장기보유 세액공제
근거법소득세법 §95종합부동산세법 §9⑧
무엇에서 빼나양도차익에서 뺀다 (세액 계산 전)산출세액에서 뺀다 (세액 계산 후)
최소 보유기간3년5년 (과세기준일 현재)
거주기간을 보나본다. 거주 2년 미만이면 표2가 닫힌다보지 않는다. 보유기간만 본다

세목이 다르고, 빼는 자리가 다르고, 문턱이 다릅니다. 종부세 쪽 공제율 수치는 이 글에서 다루지 않습니다 — 종합부동산세 세액공제를 정리한 글에서 확인하시는 게 정확합니다.

지금 시행 중인 것과 아직 아닌 것

「2026년 개편 반영」을 단 글이 이미 검색에 잡힙니다. 상태를 갈라두겠습니다.

항목상태적용 시점
소득세법 §95 표1·표2시행 중시행 2026. 1. 1.
시행령 §159의4 (거주 2년 요건)시행 중조문 최종개정 2025. 2. 28.
다주택 중과 부활 → 장특공제 배제시행 중2026. 5. 10. 이후 양도분
「장기거주 소득공제」로의 개편정부안. 확정 아님2026. 8. 3. 발표 / 적용 예정 2028. 1. 1. 이후 양도분

마지막 줄이 핵심입니다. 2026년 8월 3일 발표된 세제개편안은 정부안이고 국회 심의를 거쳐야 합니다. 적용 예정 시점도 2028년 이후 양도분입니다. 현행법 기준으로, 2026년에 파는 경우에는 위 표의 표1·표2가 그대로 적용됩니다.

자주 묻는 것

배우자에게 증여받은 집을 파는데 보유기간은 언제부터 세나요?

§95④ 단서가 이월과세 적용 대상인 경우 증여한 배우자·직계존비속이 그 자산을 취득한 날부터 기산하도록 정합니다. 증여받은 날부터 다시 세는 것이 아닙니다. 이월과세 적용 요건 자체는 §97의2가 정하는 별개 문제라 이 글에서 다루지 않았습니다. 증여받은 날로 공제율을 잡아두면 나중에 숫자가 통째로 바뀝니다 — 기산일부터 확인하는 게 순서입니다.

조합원입주권도 장기보유특별공제를 받나요?

받는 범위가 좁습니다. §95② 괄호는 대상을 관리처분계획 인가(빈집법 적용 시 사업시행계획인가) 전의 토지분 또는 건물분 양도차익으로 한정합니다. 그리고 조합원으로부터 승계취득한 입주권은 대상에서 빠집니다.

상속받은 집은 보유기간을 어떻게 세나요?

장특공제 보유기간은 상속개시일부터이고, 세율 적용 보유기간은 피상속인 취득일부터(§104②)로 기산일이 다릅니다. 같은 「보유기간」이라는 말이 조문에서 두 번 다르게 쓰입니다. 상속 케이스는 별도 글에서 다룹니다.

형제와 공동으로 상속받은 집인데 거주기간은 누구를 기준으로 보나요?

시행령 §159의4 후단이 공동상속주택의 거주기간을 「해당 주택에 거주한 공동상속인 중 그 거주기간이 가장 긴 사람이 거주한 기간」으로 판단하도록 정합니다. 위 인용에서 생략했던 뒷문장입니다. 공동상속주택의 주택 수 판정은 조문이 다르고, 상속 케이스는 별도 글에서 다룹니다.

주택으로 쓰기 전에 다른 용도로 갖고 있던 기간은 어떻게 되나요?

§95⑤가 별도 계산식을 둡니다. 주택이 아닌 건물로 보유한 기간은 표1 공제율, 주택으로 보유한 기간은 표2 공제율로 각각 잡아 더하되 보유 쪽 합계가 40%를 넘으면 40%로 끊습니다. 주택으로 본 기간의 기산은 사실상 주거용으로 쓴 날부터이고, 그게 분명하지 않으면 공부상 용도를 주택으로 바꾼 날부터입니다(§95⑥).

확인하지 못한 것

  • §55① 세율표의 「10억원 초과」 구간 기초금액 — 조문 원문에서 해당 행의 기초금액을 축자로 확보하지 못했습니다. 세율 45%와 구간 존재는 확정입니다. 이 글의 계산 예시는 그 구간을 쓰지 않았습니다.
  • 누진공제액 표 — 조문의 「기초금액 + 초과액×세율」을 산술 환산한 값이라 조문에 직접 적힌 숫자가 아닙니다. 본문 계산은 조문 형태 그대로 썼습니다.
  • 지방소득세(양도소득세액의 10%) — 이번에 조문 대조를 하지 않아 계산에 넣지 않았습니다.
  • 2026년 세제개편안의 세부 공제율·한도와 연도별 적용 일정 — 기재부 상세 자료 원문을 열지 못했습니다. 2027년 양도분의 취급을 포함해 세부 내용은 2차 경로에서만 확인돼 본문에 적지 않았습니다. 이 글에는 골자와 적용 예정 시점(2028. 1. 1. 이후 양도분)만 적었습니다.
  • 비거주자에 대한 표2 적용 여부 — 질의회신이 검색에 잡혔으나 원문을 확보하지 못해 적지 않았습니다.

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근거

※ 이 글의 계산 예시는 가상의 숫자입니다. 실제 세액은 취득가액·필요경비 인정 범위와 개별 사정에 따라 달라집니다. 본인 사례는 국세청 홈택스 양도소득세 모의계산 또는 세무 전문가를 통해 확인하시기 바랍니다.

아파트 짓는 이팀장

공동주택 설계를 15년 했습니다. 세무사도 변호사도 아닙니다. 아파트를 설계하면서도 정작 그 집에 붙는 세금은 잘 몰랐고, 찾아보니 나오는 글마다 숫자가 달랐습니다. 그래서 확인한 걸 정리해두기 시작했습니다.